负责实施海洋生态环境调查监测工作，积累南海海域长期环境生态数据。开展海域环境容量和承载力研究、海洋环境污染程度及损失量评估研究、海洋环境修复研究和工程实践。开展南海本土物种的遗传多样性研究及其在海洋生物资源恢复与海洋环境修复领域的应用研究。建立海南省主要的海洋生态环境数据中心，建立省级一流的海洋生态环境分析实验室。为政府和社会提供海洋生态环境调查、监测、检测、评价、保护等方面的技术服务。